Trường THCS Nguyễn Tuấn Thiện – huyện Hương Sơn – tỉnh Hà Tĩnh được thành lập theo Quyết định số: 124/QĐ-UBND ngày 15 tháng 8 năm 1992, về việc thành lậpTrường Năng Khiếu Hương Sơn. Trường nằm ở vị trí trung tâm của Thị Trấn Phố Châu, huyện Hương Sơn, thuộc khối 3 Thị trấn Phố Châu có địa thể bằng phẳng, giao thông thuận tiện, phía Đông giáp huyện lộ, đối diện với Tòa án nhân dân Huyện Hương Sơn, Phía Tây giáp trụ sở làm việc của Ủy ban nhân dân huyện Hương Sơn, Phía Bắc giáp trụ sở làm việc của Huyện ủy Hương Sơn. Phía Nam nằm nép mình bên bờ sông ngàn phố thơ mộng, hiền hòa. Ngay từ khi thành lập trường năng khiếu Hương Sơn đã gặp nhiều khó khăn về mọi mặt, nhưng với sự chỉ đạo sâu sát của Phòng Giáo dục và Đào tạo, UBND Thị trấn Phố Châu, Tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên cùng phụ huynh, học sinh, đã chèo lái nhà trường đứng vững trước thời cuộc và đã gặt hái được những thành công nhất định với “những chặng đường lịch sử” phát triển và trưởng thành: Từ năm học 1992-1993 đến năm học 1997-1998 Hiệu trường: là thầy giáo Nguyễn Cảnh (1992-1998) Phó Hiệu trưởng: là thầy giáo Nguyễn Văn Chỉnh ( 1996-2000) Nhà trường được xây trên cơ sở vật chất của Phòng giáo dục và Đào tạo cũ với một số phòng của Công ty Thương Nghiệp Hương Sơn. Trường Năng Khiếu Hương Sơn bắt đầu nghi tên tuổi của mình bằng những căn phòng cấp 4 lụp xụp, số lượng học sinh khiêm tốn, mỗi năm trường chỉ tuyển sinh 2 lớp cho mỗi khối với số lượng học sinh không quá 20 em. Cán bộ, giáo viên, nhân viên gồm 19 người. Năm học 1994-1995, được sự quan tâm của Phòng Giáo dục và Đào tạo, đầu tư của huyện, trường xây dựng được ngôi nhà hai tầng đầu tiên với 8 phòng học hiện đại. Mặc dầu, số lượng học sinh và cơ sở vật chất thiếu thốn nhưng bằng sự nổ lực của thầy và trò nhà trường đã thu được kết quả khả quan với số lượng học sinh giỏi huyện, tỉnh tăng lên không ngừng. Từ năm 1992 đến 1998, đơn vị liên tục đạt Danh hiệu trường Tiên tiến cấp huyện (1994-1995; 1995-1996), cấp tỉnh (1997-1998). Công đoàn cơ sở vững mạnh, vững mạnh xuất sắc. Số học sinh giỏi huyện là: 835 em; Học sinh giỏi tỉnh là 580 em; Học sinh giỏi Quốc gia là 3 em; Giáo viên giỏi tỉnh 7 đồng chí. Từ năm học 1998-1999 đến năm học 2003-2004 Ngày 15 tháng 8 năm 1998, UBND huyện Hương Sơn ra Quyết định số 74/QĐ-UBND về việc sáp nhập trường Năng khiếu Hương Sơn và Trường THCS Thị trấn Phố Châu thành Trường THCS Nguyễn Tuấn Thiện. Hiệu trưởng: là thầy giáo Nguyễn Ứng Trung ( 1999-2012) Phó Hiệu trưởng: là các thầy giáo: Nguyễn Văn Chỉnh (1992-2000); Nguyễn Xuân Tiến ( 2000-2002); Võ Quốc Bảo (2002-2012); Nguyễn Thái Hòa (2002-2003); Trần Đình Thìn (2003-2006). Từ lúc sáp nhập đến nay, được sự quan tâm, chỉ đạo sâu sát của Phòng Giáo dục và Đào tạo Hương Sơn, Đảng ủy và Ủy ban nhân dân Thị trấn Phố Châu, UBND huyện Hương Sơn, sự ủng hộ hết mình của Hội cha mẹ học sinh cùng với sự nổ lực của tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên trường đã mở rộng được diện tích khuôn viên 10.327,1 m2, với 4 dãy nhà cao tầng khang trang, hiện đại, đủ số phòng học 1 ca, có 3 phòng bộ môn đảm bảo đủ thiết bị dạy học, đạt tiêu chuẩn cho học sinh học tập và rèn luyện. Từ năm 1998 đến năm 2004, đơn vị liên tục đạt được danh hiệu Trường tiên tiến cấp tỉnh. Năm học 2003-3004, trường đạt chuẩn Quốc gia giai đoạn (2003-2008). Công đoàn cơ sở vững mạnh, vững mạnh xuất sắc. Số lượng học sinh giỏi huyện 827 em; học sinh giỏi tỉnh 235 em; giáo viên giỏi tỉnh 12 đồng chí; Tỉ lệ tốt nghiệp đạt 100%, tỉ lệ vào các trường THPT 87%; có 97 học sinh vào Trường chuyên bộ, Chuyên tỉnh. Từ năm học 2004-2005 đến năm học 2008-2009 Hiệu trưởng là thầy giáo Nguyễn Ứng Trung Phó Hiệu trưởng là thầy giáo Võ Quốc Bảo(2002-2012); Nguyễn Nhất Thiết (2007-2009). Trường tiếp tục đạt danh hiệu trường tiên tiến cấp tỉnh, Công đoàn vững mạnh xuất sắc. Có số lượng học sinh giỏi và giáo viên giỏi không ngừng được nâng cao; tỉ lệ tốt nghiệp 100%; Tuyển sinh vào lớp 10 trên 88 % xếp thứ nhất huyện, thứ 5-11 cấp tỉnh. Từ năm học 2008-2009 đến năm học 2013-2014 Hiệu trưởng là thầy giáo Nguyễn Ứng Trung (2012) Phó Hiệu trưởng là thầy giáo Võ Quốc Bảo (2002-2012); Nguyễn Nhất Thiết (2007-2009). Năm học 2012-2013: 2013-2014 Hiệu trưởng là thầy giáo Nguyễn Huy Bửu Phó Hiệu trưởng là thầy giáo Phan Văn Tuân Từ năm học 2008-2009 đến nay, Trường tiếp tục đạt danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc, Bằng khen của Thủ tương Chính phủ Bằng khen của UBND Tỉnh, Huân chương lao động hạng 3 (năm học 2011-2012); Công đoàn nhận cờ thi đua xuất sắc của LĐLĐ tỉnh Hà Tĩnh (năm học 2012-2013); Đón Bằng công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia giai đoạn 2014-2019 (2013-2014). Bằng khen của Tổng LĐLĐ Việt Nam(2013-2014).